El problema de que el comando git clone o git pull no funcionen cuando se esta clonando a travez de SSH puede ocurrir por varios problemas, uno de los mas probables es que el puerto SSH en el servidor esté cambiado y esto ocasione que git intente conectarse a otro servidor.
Para verificar la conexion a github se puede usar este comando:
ssh -T -v git@github.comSi al hacerlo aparece "Connecting to github.com [192.30.253.113] port PUERTO." si en PUERTO aparece otro que no sea el 22 entonces solo hay que modificar o crear el archivo
~/.ssh/config agregandole la siguiente configuracion:Host *
Port 22
Con esto le indicamos a git el puerto correcto para ssh y listo.
